Po tom, ako sa Neo (Keanu Reeves) odvážil urobiť ďalší odvážny krok smerom k pravde, stratil všetku svoju silu a jeho myseľ ostala uväznená kdesi v Zemi nikoho medzi Matrixom a svetom strojov... Kým Trinity (Carrie-Anne Moss) oddane stráži Nea v kóme, Morpheus (Laurence Fishburne) sa musí voľky-nevoľky začať vyrovnávať s poznaním, že „Vyvolený“, na ktorého stavil všetku svoju vieru a ktorého hľadaniu a nasledovaniu zasvätil celý svoj život, je možno len ďalším z množstva „kontrolných mechanizmov“, ktoré si vymysleli tvorcovia Matrixu... Boj medzi ľuďmi a strojmi sa míľovými krokmi rúti k veľkému finále: bojové jednotky Zionu, podporované odvážnymi civilistami ako napríklad Zee (Nona Gaye) a Kid (Clayton Watson), sa zúfalo pokúšajú zastaviť inváziu Strážcov, ktorí sa nezadržateľne prehrýzajú cez opevnenie posledného ľudského mesta... Zoči-voči hroziacej katastrofe bojujú jeho obyvatelia nielen o vlastné životy, ale i o budúcnosť celého ľudstva!